本県には、九州で最も長い筑後川（長さ143km）や矢部川（長さ61km）など、大きな河川があります。また、県内各所にダムや多くのため池が存在します。

内水面では、アユ、オイカワ、コイ等の魚類やカニ類などを対象としたさし網、投網、つり、シジミを対象とした採貝等が行われています。筑後川では特産魚のエツ漁や鵜飼いなどの観光漁業や、遊漁者によるアユつりも盛んです。

県南部を中心にコイやウナギ等の養殖も行われています。また、全国的に珍しいスイゼンジノリの養殖も行われています。